從外形結構上看，兩者區別甚大，從設計角度來對比，二維混合機可設計容積比較大，三維混合機設計容積小，后者更適合實驗室使用，而且后者可設計成可換桶式，方便更換混合容器，清理方便，建設交叉感染，更容易滿足新版GMP標準。
二維混合機是在X軸和Y軸兩個方向運動，而三維混合機是在XYZ三個軸運動。三維混合機效率和混合度遠高于二維混合機。二維混合機廣泛應用于醫藥，化工，食品，飼料，農藥等行業，尤其適用于大噸位各種固相物料的混合。而三維裝料的筒體是在主動軸的帶動下，作周而復始的平移轉動和翻滾等復合運動，促使物料沿著筒體作環向、徑向和軸向的三向復合運動，從而實現多種物料的相互流動、擴散、積聚、摻雜，達到均勻混合的目的，此機主要用于制藥、化工、食品、輕工、電子、機械、礦冶、國防工業以及各科研單位的粉狀、顆料狀物料的高均勻度混合。
二維混合機的混合筒在轉動的同時又參與擺動，使筒中物料得以充分混合，使該機具有混合迅速，混合量大，出料便捷等特點。三維混合機裝料率大，最高可達80%（普通混合機僅為40%），效率高，混合時間短。且筒體各處為圓弧過渡，并經過精密拋光處理，達到GMP要求，是目前混合機中的一種理想產品。
兩者的加料方式均可人工投料或者采用真空上料機和螺旋投料斗上料，這一點有共性。一般而言，兩者的材質均為SUS304不銹鋼，特殊要求可使用SS316L不銹鋼。
